選舉、罷免、創制、複決是我國憲法賦予人民的參政權，92年12月31日公民投票法公布施行後，人民可以用公民投票方式，來決定法律、立法原則或重大政策，施行以來先後舉行3次計6案全國性公民投票（如附表），惟均因投票人數未達投票權人數半數以上的門檻，投票結果均為否決。
107年1月3日公民投票法修正條文公布施行，此次修正重點包括：全國性公民投票之主管機關改為中央選舉委員會、投票年齡降為十八歲、廢除公民投票審議委員會、建置電子提案及連署系統，並大幅降低提案、連署及通過門檻，可望擴大民眾政治參與，真正還權與民，讓台灣民主更為深化。
依照修正之公民投票法規定，全國性公民投票的提出方式有「公民連署」、「行政院提案」、「立法院提案」、「總統交付」等4種，全國性公民投票由中央選舉委員會主管，地方性公民投票由直轄市政府、縣（市）政府主管，投票相關事務則由各級選舉委員會負責辦理。
全國性公民投票案第1案至第6案一覽表
案號／投票時間 | 主文 |
|---|---|
第1案（93.3.20） | 台灣人民堅持台海問題應該和平解決。如果中共不撤除瞄準台灣的飛彈、不放棄對台灣使用武力，你是不是同意政府增加購置反飛彈裝備，強化台灣自我防衛能力？ |
第2案（93.3.20） | 你是不是同意政府與中共展開協商談判，推動建立兩岸和平穩定的互動架構，謀求兩岸的共識與人民的福祉？ |
第3案（97.1.12） | 你是否同意依下列原則制定「政黨不當取得財產處理條例」，將中國國民黨黨產還給全民：國民黨及其附隨組織的財產，除黨費、政治獻金及競選補助金外，均推定為不當取得的財產，應還給人民。已處分者，應償還價額。 |
第4案（97.1.12） | 您是否同意制定法律追究國家領導人及其部屬，因故意或重大過失之措施，造成國家嚴重損害之責任，並由立法院設立調查委員會調查，政府各部門應全力配合，不得抗拒，以維全民利益，並懲處違法失職人員，追償不當所得？ |
第5案（97.3.22） | 1971年中華人民共和國進入聯合國，取代中華民國，台灣成為國際孤兒。為強烈表達台灣人民的意志，提升台灣的國際地位及參與，您是否同意政府以「台灣」名義加入聯合國？ |
第6案（97.3.22） | 您是否同意我國申請重返聯合國及加入其它組織，名稱採務實、有彈性的策略，亦即贊成以中華民國名義、或以台灣名義、或以其他有助於成功並兼顧尊嚴的名稱，申請重返聯合國及加入其他國際組織？ |