選舉、罷免、創制、複決是我國憲法賦予人民的參政權，92年12月31日公民投票法公布施行後，人民可以用公民投票方式，來決定法律、立法原則或重大政策，施行以來先後舉行4次計16案全國性公民投票，投票結果7案通過，9案不通過(如附表)。
107年1月3日公民投票法修正條文公布施行，此次修正重點包括：全國性公民投票之主管機關改為中央選舉委員會、投票年齡降為十八歲、廢除公民投票審議委員會、建置電子提案及連署系統，並大幅降低提案、連署及通過門檻，可望擴大民眾政治參與，真正還權與民，讓台灣民主更為深化。
108年6月21日公民投票法部分條文再次修正公布施行，其修正要點包括：明定提案及連署不予受理之情事、提案及連署補提以一次為限、連署人名冊應一次提出、以及明定公民投票日定於8月第4個星期六，自中華民國110年起，每2年舉行1次等。
依照公民投票法規定，全國性公民投票的提出方式有「公民連署」、「行政院提案」、「立法院提案」、「總統交付」等4種，全國性公民投票由中央選舉委員會主管，地方性公民投票由直轄市政府、縣（市）政府主管，投票相關事務則由各級選舉委員會負責辦理。
全國性公民投票案第1案至第16案一覽表
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案號／投票時間 |
主文 |
投票結果 |
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第1案（93.3.20） |
台灣人民堅持台海問題應該和平解決。如果中共不撤除瞄準台灣的飛彈、不放棄對台灣使用武力，你是不是同意政府增加購置反飛彈裝備，強化台灣自我防衛能力？ |
不通過 |
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第2案（93.3.20） |
你是不是同意政府與中共展開協商談判，推動建立兩岸和平穩定的互動架構，謀求兩岸的共識與人民的福祉？ |
不通過 |
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第3案（97.1.12） |
你是否同意依下列原則制定「政黨不當取得財產處理條例」，將中國國民黨黨產還給全民：國民黨及其附隨組織的財產，除黨費、政治獻金及競選補助金外，均推定為不當取得的財產，應還給人民。已處分者，應償還價額。 |
不通過 |
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第4案（97.1.12） |
您是否同意制定法律追究國家領導人及其部屬，因故意或重大過失之措施，造成國家嚴重損害之責任，並由立法院設立調查委員會調查，政府各部門應全力配合，不得抗拒，以維全民利益，並懲處違法失職人員，追償不當所得？ |
不通過 |
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第5案（97.3.22） |
1971年中華人民共和國進入聯合國，取代中華民國，台灣成為國際孤兒。為強烈表達台灣人民的意志，提升台灣的國際地位及參與，您是否同意政府以「台灣」名義加入聯合國？ |
不通過 |
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第6案（97.3.22） |
您是否同意我國申請重返聯合國及加入其它組織，名稱採務實、有彈性的策略，亦即贊成以中華民國名義、或以台灣名義、或以其他有助於成功並兼顧尊嚴的名稱，申請重返聯合國及加入其他國際組織？ |
不通過 |
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第7案（107.11.24） |
你是否同意以「平均每年至少降低1%」之方式逐年降低火力發電廠發電量？ |
通過 |
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第8案（107.11.24） |
您是否同意確立「停止新建、擴建任何燃煤發電廠或發電機組（包括深澳電廠擴建）」之能源政策？ |
通過 |
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第9案（107.11.24） |
你是否同意政府維持禁止開放日本福島311核災相關地區，包括福島與周遭4縣市（茨城、櫪木、群馬、千葉）等地區農產品及食品進口？ |
通過 |
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第10案（107.11.24） |
你是否同意民法婚姻規定應限定在一男一女的結合? |
通過 |
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第11案（107.11.24） |
你是否同意在國民教育階段內（國中及國小），教育部及各級學校不應對學生實施性別平等教育法施行細則所定之同志教育？ |
通過 |
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第12案（107.11.24） |
你是否同意以民法婚姻規定以外之其他形式來保障同性別二人經營永久共同生活的權益？ |
通過 |
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第13案（107.11.24） |
你是否同意，以「台灣」（Taiwan）為全名申請參加所有國際運動賽事及2020年東京奧運？ |
不通過 |
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第14案（107.11.24） |
您是否同意，以民法婚姻章保障同性別二人建立婚姻關係？ |
不通過 |
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第15案（107.11.24） |
您是否同意，以「性別平等教育法」明定在國民教育各階段內實施性別平等教育，且內容應涵蓋情感教育、性教育、同志教育等課程？ |
不通過 |
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第16案（107.11.24） |
您是否同意：廢除電業法第95條第1項，即廢除「核能發電設備應於中華民國一百十四年以前，全部停止運轉」之條文？ |
通過 |